Institut dopolnjevanja in pojasnjevanja ponudb predstavlja eno izmed najobčutljivejših faz postopka oddaje javnega naročila. Prav v tej fazi se namreč soočajo različne zahteve, ki morajo biti v postopku javnega naročanja hkrati uresničene. Na eni strani zahteva po zakoniti, učinkoviti in racionalni izvedbi postopka ter zlasti po izbiri ekonomsko najugodnejše ponudbe, na drugi strani pa zahteva po strogi enakopravni obravnavi ponudnikov in prepovedi naknadnega poseganja v že oddane ponudbe. ZJN-3 zato vzpostavlja sistem pravil, v okviru katerega je treba jasno razmejiti med dopustnim pojasnjevanjem ponudbe, dopolnjevanjem formalnih pomanjkljivosti in nedopustnim poseganjem v njeno vsebino.

Peti odstavek 89. člena ZJN-3 naročniku omogoča, da od ponudnika zahteva dopolnitev, popravek ali pojasnilo ponudbe, kadar ugotovi, da so v ponudbi formalne nepopolnosti ali nejasnosti, ki jih je mogoče odpraviti brez posega v bistvene elemente ponudbe. Ključno je, da tak poziv ne sme voditi v spremembo ponudbene cene, predmeta naročila, tehničnih specifikacij ali drugih elementov, ki jih ni mogoče objektivno preveriti ex post. Gre torej za procesno orodje, namenjeno razjasnitvi že obstoječega stanja, ne pa njegovemu naknadnemu ustvarjanju.

Bistveno drugačno funkcijo ima sedmi odstavek 79. člena ZJN-3. Ta določba ne ureja dopolnjevanja ponudbe, temveč posebno fazo postopka po pregledu in ocenjevanju ponudb, ko se je naročnik odločil, kateremu ponudniku bo oddal javno naročilo. V tej fazi naročnik od izbranega ponudnika zahteva predložitev najnovejših dokazil v skladu s 77. in po potrebi 78. členom ZJN-3, torej dokazil o neobstoju razlogov za izključitev in izpolnjevanju pogojev za sodelovanje. ZJN-3 izrecno izhaja iz tega, da naročnik v fazi oddaje ponudb praviloma sprejme obrazec ESPD kot predhodni dokaz, zato odsotnost teh dokazil v ponudbi ne pomeni nepopolne ali napačne ponudbe. Poziv po sedmem odstavku 79. člena ZJN-3 zato ni poziv k odpravi pomanjkljivosti ponudbe, temveč zakonsko predviden mehanizem preverjanja resničnosti izjav iz ESPD pred samo oddajo naročila.